Busuk rimpang dan bercak daun merupakan dua ancaman paling merusak saat intensitas hujan meningkat dari bulan November hingga Maret. Serangan jamur busuk rimpang dapat menurunkan hasil panen hingga 60 persen dalam satu musim jika tidak ditangani secara cepat sejak gejala awal muncul pada pelepah daun bawah.
Tindakan penanganan harus memadukan perbaikan lingkungan tumbuh dengan tindakan teknis kultural. Pemangkasan daun tua setidaknya 2 minggu sekali dan penjarangan pohon pelindung hingga intensitas cahaya matahari masuk sekitar 40-50 persen sangat efektif menekan kelembapan mikro di sekitar rumpun kapulaga.
Penggunaan agens hayati seperti Trichoderma sp. yang diaplikasikan ke rumpun tanah sebanyak 100 gram per lubang tanam sebelum puncak musim hujan tiba dapat membangun ketahanan alami. Jika tindakan kimiawi diperlukan saat tingkat serangan parah, konsultasikan jenis bahan aktif yang tepat dengan penyuluh pertanian setempat sesuai petunjuk pada label produk.