Saat memasuki fase generatif atau pembungaan, kebutuhan hara kapulaga bergeser ke unsur Kalium untuk memaksimalkan bobot dan kualitas aroma biji. Pemberian pupuk NPK berimbang dapat dilakukan sebanyak 3 sampai 4 kali dalam setahun dengan dosis berkisar 50 hingga 100 gram per rumpun untuk setiap aplikasi. Penjadwalan aplikasi pupuk anorganik ini sangat efektif dilakukan pada awal musim hujan sekitar bulan Oktober dan pertengahan musim hujan sekitar bulan Februari saat kelembapan tanah terjaga dengan baik.
Metode pengaplikasian pupuk kapulaga tidak boleh dilakukan sembarangan karena sistem perakaran kapulaga tergolong dangkal dan sensitif terhadap kerusakan fisik. Buatlah parit melingkar atau rorak kecil sejauh 20 hingga 30 sentimeter dari pangkal rumpun tanaman dengan kedalaman sekitar 5 sampai 10 sentimeter. Taburkan pupuk ke dalam parit tersebut lalu tutup kembali dengan tanah tipis atau mulsa dedaunan kering. Cara ini mencegah pencucian hara akibat erosi air hujan sekaligus mengoptimalkan penyerapan hara oleh akar lateral.
Selain pupuk dasar dan susulan lewat tanah, penyemprotan pupuk hayati atau pupuk daun makro-mikro organik juga dapat diberikan setiap 2 hingga 4 minggu sekali pada pagi hari. Pada musim kemarau, kurangi dosis pupuk kimia sintetis hingga separuhnya dan fokuskan pada pemberian pupuk organik cair serta penambahan mulsa setebal 5 sentimeter untuk menjaga kelembapan tanah. Keseimbangan antara ketercukupan hara dan naungan sekitar 40 hingga 50 persen akan menjamin kapulaga berproduksi secara konstan sepanjang tahun.