Hama yang paling sering menyerang perkebunan kapulaga antara lain thrips, penggerek batang, dan ulat pemakan daun atau bunga. Thrips umumnya menyerang bagian kelopak bunga dan buah muda, menyebabkan kulit buah berwarna cokelat kusam dan berparut sehingga menurunkan nilai jual. Sementara itu, hama penggerek batang merusak jaringan dalam batang semu yang mengakibatkan tanaman layu, menguning, dan akhirnya patah sebelum waktunya.
Pengendalian secara kultur teknis menjadi fondasi utama dalam menjaga kesehatan perkebunan kapulaga. Petani disarankan mengatur intensitas masuknya cahaya matahari sebesar 40 hingga 50 persen dengan memangkas pohon pelindung secara berkala setiap 3 sampai 4 bulan. Selain itu, penjarangan batang semu dalam satu rumpun agar disisa kan sekitar 10 hingga 15 batang aktif akan mempermudah sirkulasi udara dan menekan kelembapan mikro yang disukai hama.
Jika populasi hama telah melewati ambang ekonomi, tindakan pengendalian hayati dan kimiawi dapat diterapkan secara bijak. Penggunaan agen hayati seperti jamur Beauveria bassiana atau aplikasi pestisida nabati dari ekstrak daun mimba dapat dilakukan dengan interval 10 hingga 14 hari sekali. Selalu prioritaskan sanitasi lahan dengan membersihkan gulma dalam radius 1 meter dari pangkal rumpun untuk memutus siklus hidup hama.