Pemupukan rutin sangat penting. Pada usia 0-1 tahun, beri pupuk NPK 15-15-15 sebanyak 50-100 gram per pohon setiap 3 bulan. Usia 1-3 tahun, tingkatkan menjadi 150-200 gram per pohon. Setelah 3 tahun, gunakan pupuk organik 5-10 kg per pohon per tahun, dikombinasikan dengan NPK 200-300 gram per pohon setahun sekali. Penyiraman dilakukan 2-3 kali seminggu pada musim kemarau, kurangi saat hujan. Jaga kelembaban tanah dengan mulsa jerami atau serbuk gergaji setebal 5-10 cm.
Pemangkasan dilakukan untuk membentuk tajuk dan merangsang pertumbuhan. Pangkas cabang yang sakit, kering, atau terlalu rimbun pada musim kemarau. Lakukan penjarangan buah agar energi terfokus pada pertumbuhan batang. Gaharu mulai bisa diinokulasi pada usia 5-7 tahun. Inokulasi dilakukan dengan menyuntikkan jamur Fusarium sp. atau menggunakan teknik bor. Proses pembentukan resin memakan waktu 1-2 tahun setelah inokulasi.
Hama utama gaharu adalah ulat pemakan daun, kutu putih, dan rayap. Kendalikan secara mekanis (ambil ulat) atau semprot dengan pestisida nabati seperti ekstrak daun mimba atau serai wangi. Penyakit yang sering muncul adalah busuk akar akibat jamur Fusarium. Cegah dengan drainase baik dan hindari genangan. Jika ada pohon mati, segera cabut dan bakar. Konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat untuk dosis pestisida yang tepat.