Pemupukan dasar dilakukan 1-2 minggu sebelum tanam. Campurkan pupuk kandang/kompos dengan tanah saat pengolahan lahan. Pupuk anorganik seperti SP-36 (sumber P) dan KCl (sumber K) diberikan bersamaan, sedangkan pupuk N (urea) diberikan sebagian. Untuk lahan masam (pH <5.5), tambahkan dolomit 1-2 ton/ha untuk menaikkan pH dan menyediakan Ca dan Mg. Setelah tanam, pemupukan susulan pertama pada umur 15-20 HST (hari setelah tanam) dengan urea 1/3 dosis N total. Susulan kedua pada umur 35-40 HST dengan sisa urea. Jika tanaman menunjukkan gejala kekurangan hara (daun menguning, pertumbuhan lambat), lakukan koreksi dengan pupuk daun atau tambahan pupuk kandang.
Pemupukan harus memperhatikan musim tanam. Di musim hujan, risiko pencucian hara lebih tinggi, sehingga dosis N ditingkatkan 10-20% atau aplikasi dilakukan lebih sering (split application). Di musim kemarau, kebutuhan air terbatas, pemupukan dikurangi 10-15% dan pastikan irigasi tercukupi. Untuk lahan gambut, gunakan pupuk yang kaya K dan mikro seperti Cu dan Zn. Hindari pemupukan N berlebihan karena menyebabkan pertumbuhan vegetatif berlebihan dan serat kasar. Sebaiknya lakukan uji tanah setiap 2-3 tahun melalui BPP setempat.
Pemupukan yute tidak hanya meningkatkan hasil, tetapi juga ketahanan terhadap hama dan penyakit. Tanaman yang dipupuk seimbang lebih tahan terhadap ulat grayak dan penyakit layu. Aplikasi pupuk hayati (misal Rhizobium atau mikoriza) dapat membantu serapan hara, terutama di lahan marginal. Ingat, setiap perubahan dosis pupuk konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat. Catat dosis dan waktu aplikasi untuk evaluasi musim tanam berikutnya.