Penyakit kudis (Elsinoe batatas) menjadi ancaman utama saat musim hujan, ditandai dengan munculnya bintik cokelat keunguan pada tulang daun serta batang yang memendek memutar. Sementara itu, jika tanaman mendadak layu dengan daun bawah menguning secara bertahap pada umur 45 HST, kemungkinan besar tanaman terserang layu fusarium (Fusarium oxysporum) yang menyerang jaringan pembuluh umbi.
Pencegahan penyakit ubi jalar harus dimulai dari pengelolaan lahan yang tepat, seperti pembuatan guludan setinggi 30 sampai 40 cm agar air hujan tidak menggenang di sekitar perakaran. Penggunaan jarak tanam yang ideal, yaitu 25x80 cm, juga membantu menjaga sirkulasi udara di bawah kanopi daun untuk menurunkan kelembapan mikro.
Aplikasi agen hayati Trichoderma spp. sebanyak 10 gram per lubang tanam saat pemupukan dasar terbukti efektif menekan perkembangan patogen tular tanah. Jika serangan kudis terdeteksi pada 5 persen populasi, penyemprotan biofungisida atau bahan pelindung tanaman dapat dilakukan setiap 7 hari sekali hingga gejala terkendali.
