Damping-off (Rhizoctonia solani, Pythium spp.) menyerang bibit muda. Gejala: batang di permukaan tanah mengkerut, busuk basah, dan tanaman rebah. Embun tepung (Erysiphe spp.) muncul sebagai tepung putih pada daun, lalu daun menguning dan gugur. Hawar daun (Peronospora farinosa) menyebabkan bercak kuning hingga coklat di permukaan atas daun, dengan spora abu-abu di bawah daun. Bercak daun bakteri (Pseudomonas syringae) menimbulkan bercak basah berbatas tidak teratur, seringkali dengan halo kuning.
Pengendalian dimulai dengan benih sehat dan rotasi tanaman dengan kacang-kacangan atau jagung. Hindari jarak tanam rapat (<30 cm) agar sirkulasi udara baik. Saat musim hujan, kurangi frekuensi penyiraman dan siram di pagi hari. Untuk embun tepung, semprot larutan baking soda (1 sdt per liter air) setiap 5–7 hari. Untuk hawar daun, buang daun sakit dan semprot tembaga hidroksida sesuai label. Jika serangan parah, konsultasikan dengan BPP setempat untuk fungisida berbahan aktif mankozeb atau klorotalonil.
Pencegahan lebih baik: tanam quinoa pada akhir musim kemarau (Maret–April) agar panen sebelum puncak hujan. Beri mulsa jerami untuk mengurangi percikan tanah. Pastikan drainase lahan baik. Jika ada riwayat penyakit, lakukan solarisasi tanah dengan plastik transparan selama 2–3 minggu sebelum tanam. Pantau tanaman setiap minggu, terutama saat kelembaban tinggi. Dengan perawatan tepat, quinoa bisa berproduksi optimal di Indonesia.