Karat daun (Puccinia coronata) muncul sebagai bercak oranye-kuning pada daun, kemudian berubah menjadi pustul coklat. Penyakit ini menyebar cepat pada cuaca lembab (kelembaban >90%) dan suhu 18-22°C. Bercak daun (Drechslera avenae) menyebabkan bercak coklat gelap dengan tepi kuning, sering pada daun tua. Busuk akar (Fusarium spp.) menyebabkan tanaman kerdil, layu, dan akar berwarna coklat hitam.
Untuk karat daun, tanam varietas tahan (misal varietas introduksi dari India) dan atur jarak tanam 20-25 cm untuk sirkulasi udara. Bercak daun dikendalikan dengan rotasi tanaman non-serealia (jagung, padi) minimal 2 tahun. Busuk akar membutuhkan drainase baik; hindari genangan dengan bedengan setinggi 20-30 cm. Pemupukan berimbang (N:P:K = 100:50:50 kg/ha) mengurangi kerentanan.
Jika serangan berat (>25% tanaman), segera konsultasi dengan penyuluh pertanian setempat (BPP) untuk rekomendasi fungisida sesuai label. Sanitasi lahan dengan membakar sisa tanaman sakit setelah panen. Penggunaan agens hayati Trichoderma sp. pada tanah dapat menekan Fusarium. Pantau tanaman setiap minggu, terutama setelah hujan.