Penyakit busuk umbi dan layu tanaman menjadi ancaman utama ketika curah hujan melebihi 250 mm per bulan. Jamur dan bakteri tanah menginfeksi rhizoma ganyong melalui luka mekanis atau bekas gigitan hama. Pengolahan tanah yang benar dengan pembuatan guludan setinggi 30 hingga 40 cm serta pemberian pupuk kandang matang seberat 5 hingga 10 ton per hektar sebelum tanam terbukti ampuh menekan populasi patogen tanah.
Di sisi lain, penyakit karat daun dan bercak foliar sering mengganas pada masa pertumbuhan vegetatif aktif, yaitu umur 2 sampai 5 bulan setelah tanam. Gejala serangan berupa bercak oranye atau cokelat kering dapat menurunkan kapasitas fotosintesis hingga 40 persen. Pengaturan jarak tanam ideal 50 x 70 cm sangat disarankan agar sirkulasi udara di sekitar tajuk tanaman tetap terjaga dan daun cepat kering setelah terpapar air hujan.
Sanitasi kebun secara rutin setiap 2 minggu sekali dengan memangkas daun-daun tua atau terinfeksi merupakan langkah preventif yang paling hemat biaya. Jika serangan penyakit meluas hingga mengenai lebih dari 15 persen populasi tanaman, penggunaan agens hayati atau fungisida terdaftar harus diterapkan sesuai petunjuk. Penanganan terpadu ini memastikan umbi ganyong dapat dipanen optimal pada umur 8 hingga 10 bulan.