Penyakit utama yang sering melumpuhkan pertanaman jewawut adalah gosong bulir dan bercak daun. Serangan penyakit gosong bulir bahkan dapat merusak hingga 40% potensi hasil panen jika benih yang ditanam sudah membawa spora patogen tanpa perlakuan awal yang benar.
Pengaturan jarak tanam yang ideal seperti 20 x 20 cm atau 25 x 15 cm sangat disarankan untuk menjaga sirkulasi udara di sekitar tajuk dan perakaran, sehingga menekan kelembapan mikro selama masa tanam 75 hingga 90 hari.
Sanitasi lahan secara rutin setiap 7 sampai 10 hari dengan mencabut tanaman terinfeksi dan memusnahkannya di luar area kebun merupakan langkah manajemen yang wajib dilakukan untuk mencegah penyebaran wabah lebih luas.