Proses pemanenan jewawut sebaiknya dilakukan pada pagi hari saat embun telah mengering, sekitar pukul 08.00 hingga 10.00 WIB, untuk mencegah kerontokan bulir secara berlebihan. Pemotongan malai dilakukan menggunakan sabit tajam atau ani-ani pada jarak 10 sampai 15 sentimeter di bawah pangkal malai. Pastikan alat yang digunakan bersih agar tidak menularkan cendawan atau mikroba pembusuk ke tanaman.
Setelah malai dipotong, lakukan penjemuran di atas terpal bersih di bawah sinar matahari langsung selama 3 sampai 5 hari berturut-turut. Pengeringan ini bertujuan mereduksi kadar air biji dari sekitar 25 persen hingga mencapai kadar air aman simpan sebesar 12 sampai 14 persen. Malai perlu dibalik 2 sampai 3 kali sehari agar proses pengeringan merata dan mencegah timbulnya jamur.
Langkah akhir pascapanen adalah perontokan biji dengan cara meremas malai atau memukulnya secara perlahan di dalam karung, diikuti proses pembersihan dari sekam dan kotoran menggunakan tampah atau blower. Simpan biji jewawut yang telah bersih di dalam wadah kedap udara atau karung plastik tebal di ruangan bersuhu 25 hingga 28 derajat Celsius dengan kelembapan rendah agar tahan disimpan hingga lebih dari 1 tahun.