Pada fase vegetatif, yaitu sekitar umur 14 hingga 35 hari setelah tanam, jewawut sangat rentan terhadap serangan ulat grayak dan penggerek batang. Pengamatan rutin minimal 2 kali seminggu pada bagian gulung daun dan pangkal batang sangat dianjurkan untuk mendeteksi keberadaan kelompok telur atau larva secara dini sebelum populasi meledak.
Memasuki fase generatif pada umur 50 hingga 80 hari setelah tanam, fokus ancaman bergeser ke serangga pengisap bulir seperti walang sangit dan kelompok burung pemakan biji. Fase matang susu hingga biji mengeras merupakan titik kritis di mana kehilangan hasil tertinggi kerap terjadi apabila area pertanaman tidak diberi perlindungan fisik atau pengawalan ekstra.
Pendekatan Pengendalian Hama Terpadu (PHT) menjadi kunci utama kelangsungan budidaya jewawut. Praktik kebersihan pematang, pembersihan tanaman inang sekunder dalam radius 5 meter dari petakan, serta penggunaan perangkap alami dan agen hayati terbukti mampu menekan populasi hama tanpa merusak ekosistem lahan.