Penyakit blast yang disebabkan oleh jamur Pyricularia oryzae sering muncul saat musim hujan dengan intensitas kabut tinggi dan suhu malam yang relatif dingin. Gejala awal ditandai dengan bercak berbentuk seperti belah ketupat yang memiliki bagian tengah berwarna keputihan atau abu-abu dengan tepi kecokelatan. Jika serangan terjadi pada leher malai atau biasa disebut busuk leher, tangkai malai akan patah dan bulir padi menjadi hampa total. Pengendalian dapat dilakukan dengan mengatur jarak tanam agar tidak terlalu rapat, mengurangi pemupukan nitrogen berlebih, serta mengeringkan lahan secara berkala untuk memutus siklus jamur.
Penyakit hawar daun bakteri yang sering disebut kresek merupakan ancaman serius lainnya yang dipicu oleh angin kencang dan genangan air hujan yang terlalu tinggi. Gejala khasnya berupa garis atau bercak basah kekuningan pada tepi daun yang lama-kelamaan mengering dan berubah warna menjadi putih ke abu-abuan dari ujung ke pangkal daun. Bakteri ini masuk melalui luka alami atau luka akibat gesekan daun saat tertiup angin kencang di musim penghujan. Pencegahan paling efektif adalah menggunakan varietas tahan, menghindari pemupukan nitrogen yang terlambat, serta membersihkan gulma inang di sekitar pematang sawah.
Busuk batang dan bercak daun sempit juga kerap ditemukan menyerang pertanaman padi pada fase vegetatif akhir hingga generatif akibat drainase sawah yang buruk. Petani disarankan untuk segera memperbaiki saluran pembuangan air di sekitar petakan sawah agar tidak terjadi genangan terus-menerus yang memperparah kelembapan mikro kanopi tanaman. Apabila ditemukan gejala serangan yang parah, pemanfaatan agens hayati atau pencarian rekomendasi bahan pengendali yang tepat harus dikonsultasikan langsung ke petugas penyuluh lapang setempat. Kesadaran kolektif antarpetani dalam satu wilayah hamparan untuk melakukan sanitasi lingkungan sangat menentukan keberhasilan menekan laju perkembangan penyakit padi.