Penyakit Hawar Daun Bakteri atau Kresek yang disebabkan oleh Xanthomonas oryzae sering mengganas ketika petani memberikan pupuk Urea berlebihan melampaui 200 kg per hektar tanpa diimbangi pupuk Kalium. Gejala berupa garis basah keabu-abuan di tepi daun yang memutih dan mengering cepat terjadi pada umur 20 hingga 45 hari setelah tanam.
Penyakit Blas yang dipicu oleh jamur Pyricularia oryzae menjadi ancaman mematikan berikutnya saat curah hujan tinggi mendominasi. Serangan pada fase vegetatif menyebabkan bercak berbentuk belah ketupat pada daun, sedangkan serangan pada fase generatif menyebabkan patah leher malai yang mengakibatkan bulir padi hampa hingga 80 persen.
Pengendalian penyakit padi musim hujan secara terpadu wajib mengombinasikan sistem tanam Jajar Legowo 2:1 untuk memperlancar sirkulasi udara, aplikasi agens hayati Pseudomonas fluorescens atau Trichoderma sp. seminggu sekali, serta pengeringan berkala lahan selama 3 hingga 5 hari pada fase anakan maksimum.
