Diagnosis diferensial sangat penting dilakukan sebelum menentukan tindakan pengendalian di lapangan. Jika kelayuan terjadi merata di seluruh petakan sawah dengan tanah memecah hingga kedalaman lebih dari 5 cm, penyebab utamanya adalah stres kekeringan fisik. Sebaliknya, jika tanaman layu secara acak pada fase vegetatif 15 hingga 45 hari setelah tanam, petani perlu memeriksa bagian pangkal batang.
Penggerek batang padi yang menyebabkan gejala sundep ditandai dengan pucuk daun menggulung, menguning, dan mudah dicabut dengan bekas gigitan serangga di pangkalnya. Sementara itu, penyakit layu bakteri atau hawar daun bakteri ditandai dengan daun layu terkulai basah, tampak seperti tersiram air panas, dan mengeluarkan lendir bakteri saat pangkal batang dipotong dan direndam air bersih selama 5 menit.
Penanganan padi layu harus disesuaikan dengan sumber masalahnya agar tidak membuang biaya operasional. Pengaturan irigasi berselang dengan penggenangan setinggi 3 sampai 5 cm selama 2 hari diikuti pengeringan 3 hari dapat memperkuat perakaran sekaligus menekan perkembangan mikroorganisme patogen di sekitar rizosfer.
