Penyebab utama kedua adalah defisiensi unsur hara makro, khususnya nitrogen dan kalium, yang mudah tercuci atau terfiksasi saat pasokan air berkurang drastis di musim kemarau. Ketika air irigasi melambat, suplai hara dari pupuk urea atau NPK yang ditaburkan tidak dapat terlarut dengan baik ke zona perakaran tanaman. Ciri khas kekurangan hara ini biasanya dimulai dari daun bagian bawah yang menguning secara merata dari ujung ke pangkal, sementara tulang daun masih tampak kehijauan. Petani perlu menyiasati kondisi ini dengan memberikan tambahan pupuk organik cair atau mengatur ulang jadwal pengairan berselang.
Faktor biotik seperti serangan hama penghisap cairan tanaman dan infeksi patogen tular tanah juga tidak boleh diabaikan saat musim kemarau. Suhu udara yang hangat dan kelembaban mikro yang rendah di pertanaman padi yang kurang air sangat disukai oleh hama perusak daun dan batang. Kerusakan pada jaringan pengangkut akibat tusukan hama ini menyebabkan aliran nutrisi terhambat, sehingga daun menunjukkan gejala klorosis atau menguning secara masif. Pengamatan visual menggunakan Lup atau kaca pembesar di area pangkal rumpun sangat membantu mendeteksi keberadaan hama sejak dini sebelum populasi meledak.
Langkah pemulihan yang efektif di lapangan meliputi perbaikan manajemen air sistem intermiten atau irigasi berselang yang disesuaikan dengan ketersediaan debit air wadah atau sumur pantek setempat. Petani disarankan melakukan penyiangan gulma secara rutin agar tidak terjadi perebutan unsur hara di dalam tanah yang semakin memperparah stres tanaman padi. Apabila gejala menguning tidak kunjung membaik setelah perbaikan air dan pemupukan susulan, segera ambil sampel tanaman mewakili gejala untuk dikonsultasikan ke Balai Penyuluhan Pertanian terdekat guna mendapatkan rekomendasi penanganan lanjutan.