Kekurangan unsur hara nitrogen menjadi penyebab paling umum yang ditandai dengan menguningnya daun-daun bagian bawah terlebih dahulu, dimulai dari ujung hingga merambat ke tulang daun. Sebaliknya, pada lahan irigasi yang tergenang terus-menerus tanpa pengeringan berkala, fenomena keracunan besi atau penyakit asem-asaman sering muncul. Gejala asem-asaman ditandai dengan daun berwarna kuning keemasan hingga kemerahan disertai akar tanaman yang menghitam dan berbau busuk.
Selain faktor hara dan tanah, serangan patogen seperti virus Tungro yang ditularkan oleh wereng hijau memicu gejala kuning jingga pada daun disertai pertumbuhan tanaman yang kerdil secara mengelompok di petakan sawah. Di sisi lain, infeksi bakteri Xanthomonas menyebabkan hawar daun atau kresek yang ditandai dengan garis kuning bergelombang di sepanjang tepi daun tua yang lambat laun mengering seperti terbakar.
Untuk menentukan solusi yang akurat, petani disarankan melakukan pengamatan rutin setiap 3 sampai 5 hari sekali pada pagi hari. Dengan memeriksa pola perubahan warna helai daun, kesehatan akar, serta ada tidaknya vektor serangga, penanganan seperti pengaturan irigasi berselang maupun pengapuran tanah dapat dilakukan secara efektif tanpa membuang biaya operasional secara sia-sia.
