Penyakit karat daun yang disebabkan oleh jamur Phakopsora pachyrhizi merupakan salah satu ancaman terbesar yang sering muncul pada fase vegetatif akhir hingga pembentukan polong. Gejala awalnya berupa bintik kecil berwarna cokelat kekuningan di permukaan bawah daun yang lambat laun berubah menjadi gelap dan menyebabkan daun gugur prematur. Kondisi ini menurunkan kapasitas fotosintesis tanaman secara drastis, sehingga pengisian biji di dalam polong menjadi tidak optimal dan hasil panen menurun tajam.
Selain karat daun, petani kedelai juga perlu mewaspadai penyakit busuk akar dan batang yang kerap menyerang akibat drainase lahan yang buruk selama musim penghujan. Genangan air di sekitar perakaran menyebabkan sistem akar kekurangan oksigen dan rentan dimasuki oleh patogen tular tanah seperti Phytophthora sojae atau Fusarium oxysporum. Tanaman yang terserang akan menunjukkan gejala layu mendadak, daun menguning, dan bagian pangkal batang tampak membusuk serta berwarna cokelat kehitaman.
Langkah pengendalian yang efektif memadukan teknik budidaya yang baik dan pemantauan rutin di lapangan setiap tiga hari sekali. Pastikan pengolahan tanah menghasilkan bedengan dengan drainase yang lancar agar air hujan tidak menggenang lebih dari 24 jam di sekitar tanaman. Jika ditemukan gejala serangan, lakukan pembuangan bagian tanaman yang sakit secara manual untuk mencegah penularan lebih luas ke tanaman sehat di sekitarnya.