Memasuki fase pertumbuhan generatif pada umur 30 hingga 35 hari setelah tanam, kebutuhan unsur hara fosfat dan kalium meningkat tajam untuk mendukung pembentukan bunga serta mencegah kerontokan bakal buah. Pada periode musim hujan di Indonesia, pencucian hara oleh air hujan sering terjadi, sehingga penambahan pupuk susulan kedua mutlak diperlukan untuk menjaga ketersediaan nutrisi di dalam tanah. Petani dianjurkan membuat alur dangkal sejauh 10 sentimeter dari batang utama, menaburkan pupuk secara merata, lalu segera menutupnya dengan tanah agar tidak menguap.
Selain pupuk makro akar, pemberian nutrisi tambahan melalui daun atau pupuk pelengkap cair sangat dianjurkan saat kedelai memasuki awal pembungaan hingga fase pengisian polong pada umur 45 hingga 55 hari setelah tanam. Aplikasi lewat penyemprotan daun ini dilakukan pada pagi hari sebelum pukul sembilan atau sore hari setelah pukul empat untuk memaksimalkan penyerapan stomata daun tanpa risiko terbakar terik matahari tropis. Penggunaan pupuk daun yang kaya unsur mikro membantu proses fotosintesis tetap stabil meskipun cuaca mendung atau intensitas cahaya matahari berkurang akibat musim penghujan.
Evaluasi kesuburan tanah melalui pengamatan visual kondisi daun dan batang menjadi kunci keberhasilan pemupukan kedelai di lahan sawah maupun tegalan kering. Daun yang menguning sebelum waktunya sering kali menandakan kekurangan nitrogen atau gangguan drainase akibat genangan air hujan yang ekstrem di lahan. Dengan menerapkan dosis berimbang serta memperhatikan waktu aplikasi yang tepat di setiap fase, produktivitas kedelai nasional dapat ditingkatkan secara signifikan demi mendukung ketahanan pangan dalam negeri.