Penyebab pertama yang sering dijumpai adalah kekurangan unsur hara Nitrogen akibat kegagalan simbiosis nodul akar. Pada lahan sawah bera atau lahan kering saat musim kemarau, bakteri Rhizobium sering kali tidak aktif jika kelembapan tanah turun di bawah 40 persen. Ciri khasnya terlihat pada daun-daun tua di bagian bawah yang menguning merata terlebih dahulu, sementara tulang daun ikut menguning. Apabila perakaran dicabut, bintil akar tampak sedikit, berwarna putih kecokelatan, dan tidak berwarna merah muda di dalamnya saat dibelah.
Penyebab kedua dan ketiga berkaitan erat dengan lonjakan populasi hama pengisap seperti kutu daun Aphis glycines dan tungau merah pada suhu udara 30 hingga 34 derajat Celsius. Kutu daun mengisap cairan sel dan menularkan Soybean Mosaic Virus yang menyebabkan daun muda menguning belang-belang mosaik, berkerut, dan bergulung ke bawah. Sementara itu, serangan tungau membuat permukaan daun tampak berbintik kuning keemasan yang meluas hingga daun mengering dan gugur sebelum waktunya.
Untuk mengatasi masalah ini secara efektif, pengelolaan air dan perbaikan sanitasi lahan menjadi kunci utama pada musim kemarau. Pemberian air irigasi dengan sistem leb berkala setiap 7 hingga 10 hari sekali sangat dianjurkan pada fase kritis pembungaan dan pengisian polong. Penggunaan mulsa jerami padi setebal 3 hingga 5 sentimeter juga efektif menjaga kelembapan tanah, menurunkan suhu perakaran, serta menekan perkembangan hama pengisap di dalam areal pertanaman kedelai.
