Fase awal pertumbuhan kedelai sangat rentan terhadap serangan hama pemakan daun seperti ulat grayak dan penggerek pucuk yang aktif pada musim kemarau maupun musim hujan. Gejala awal biasanya berupa lubang tidak beraturan pada daun muda atau pucuk tanaman yang terlipat dan mengering. Pengendalian pada fase ini fokus pada pemantauan populasi secara berkala setiap dua hari sekali serta pembersihan gulma di sekitar pertanaman yang sering menjadi tempat persembunyian hama. Penggunaan musuh alami dan praktik tanam serempak terbukti efektif menekan populasi awal hama daun ini.
Memasuki fase pembungaan dan pengisian polong, perhatian harus dialihkan ke hama perusak polong dan biji seperti kepik hijau dan penggerek polong. Kepik hijau menyucuk polong muda sehingga menyebabkan biji kedelai menjadi hitam, kempis, dan tidak layak konsumsi saat panen. Petani dapat melakukan pengendalian mekanis dengan mengumpulkan telur dan imago kepik pada pagi hari sebelum matahari terik. Penggiliran tanaman dengan padi atau jagung di luar musim kedelai juga sangat dianjurkan untuk memutus siklus hidup hama pengisap polong tersebut.
Apabila serangan hama telah melampaui ambang batas ekonomi dan metode non-kimiawi tidak lagi memadai, penggunaan bahan pengendali kimia dapat dipertimbangkan sebagai langkah terakhir. Petani wajib membaca label kemasan dengan teliti dan berkonsultasi langsung dengan petugas penyuluh pertanian atau petugas BPP setempat untuk rekomendasi bahan aktif yang tepat dan aman. Keselamatan kerja saat aplikasi menjadi prioritas utama dengan selalu mengenakan perlengkapan pelindung lengkap guna menghindari keracunan dan menjaga kelestarian lingkungan pertanian.