Pada fase vegetatif awal, khususnya umur 7 sampai 14 hari setelah tanam (HST), lalat bibit menjadi ancaman utama yang dapat mematikan bibit muda. Serangan hama ini kerap memuncak pada awal musim hujan saat kelembapan tanah tinggi. Pengamatan rutin pada pangkal batang 2 kali seminggu sangat dianjurkan agar tindakan pencegahan dapat dilakukan sebelum populasi tanaman berkurang drastis di bawah standar 300.000 batang per hektar.
Memasuki fase generatif pada umur 30 hingga 60 HST saat pembentukan bunga dan polong, serangan ulat grayak dan penggerek polong mulai mendominasi, terutama di musim kemarau. Penggerek polong merusak biji di dalam kulit polong tanpa terlihat dari luar secara jelas, sehingga inspeksi acak pada 30 sampel tanaman per petak harus dilakukan tiap 5 hari. Jika tingkat kerusakan polong melebihi ambang kendali 2,5 persen, tindakan penanganan intensif harus segera diterapkan.
Pengendalian Hama Terpadu (PHT) merupakan kunci utama keberlanjutan produksi kedelai di tingkat petani. Kombinasi pergiliran tanaman dengan padi, penggunaan perangkap lampu sebanyak 1 unit per hektar, serta aplikasi agens hayati secara teratur terbukti efektif meredam populasi hama. Penggunaan bahan kimia hendaknya menjadi pilihan terakhir yang disesuaikan dengan petunjuk teknis dari Balai Penyuluhan Pertanian (BPP) setempat.
