Pemupukan susulan pertama diberikan saat ganyong berumur 1 sampai 2 bulan setelah tanam, biasanya memasuki pertengahan musim hujan di bulan Desember atau Januari. Pada fase vegetatif aktif ini, berikan pupuk kaya unsur nitrogen dan fosfor sebanyak 50 gram per rumpun yang ditabur melingkar sejauh 15 sentimeter dari pangkal batang. Langkah pemupukan ganyong susulan ini penting untuk memperbanyak jumlah daun dan memperluas area fotosintesis sebelum tanaman memasuki fase pengisian umbi.
Memasuki umur 4 sampai 5 bulan setelah tanam, tepatnya saat puncak pembentukan umbi di bulan Maret atau April, ganyong membutuhkan asupan kalium yang tinggi. Aplikasi pupuk ganyong kaya kalium diberikan sebanyak 30 sampai 40 gram per rumpun bersamaan dengan pembumbunan tanah setinggi 10 sampai 15 sentimeter. Pembumbunan ini membenamkan pupuk sekaligus menutup rimpang ganyong agar tidak terkena sinar matahari langsung yang dapat merusak kualitas umbi.
Pada umur 7 hingga 9 bulan setelah tanam, memasuki awal musim kemarau di bulan Juni atau Juli, pemupukan kimia harus dihentikan sepenuhnya. Pemberian air dikurangi secara bertahap untuk memicu fotosintat berpindah dari daun ke umbi, sehingga kadar pati ganyong mencapai tingkat maksimal saat panen. Pembongkaran umbi ganyong dapat dilakukan setelah 80 persen daun menguning dan mengering secara alami di lapangan.