Pada awal musim hujan, penyebab utama daun ganyong menguning adalah kondisi tanah yang terlalu basah dan tergenang lebih dari 3 hari berturut-turut. Genangan air memicu kebusukan pada akar dan umbi akibat berkembangnya patogen jamur tanah. Akibat rusaknya saluran pembuluh pada umbi, penyerapan air dan nutrisi terhenti sehingga daun bagian bawah perlahan berubah warna menjadi kuning pucat lalu membusuk.
Selain masalah air, defisiensi hara nitrogen dan kalium pada fase vegetatif aktif umur 2 hingga 4 bulan juga sering menyebabkan daun ganyong menguning. Kekurangan nitrogen membuat pembentukan klorofil terganggu, yang ditandai dengan warna kuning merata pada daun-daun tua. Pada musim kemarau, serangan hama tungau atau laba-laba merah yang menghisap cairan sel daun juga mempercepat daun menjadi kuning, mengering, dan akhirnya menggulung.
Untuk mengatasi masalah ini secara efektif, perbaikan tata kelola lahan sangat diperlukan. Pembuatan guludan setinggi 30 cm dengan jarak tanam ideal 60x70 cm mampu mencegah genangan air saat hujan deras. Pemberian pupuk organik matang sebanyak 2 kg per rumpun setiap 2 bulan sekali serta penyiangan gulma berkala akan mengembalikan kesegaran daun ganyong dan menjamin pembentukan umbi yang optimal saat panen pada umur 9 hingga 12 bulan.