Ciri fisik ganyong siap panen ditandai dengan perubahan warna rumpun daun dari hijau segar menjadi kekuningan dan mulai mengering secara alami. Batang utama akan tampak meluruh dan rebah ke tanah, menandakan proses penimbunan pati di dalam rimpang umbi telah maksimal. Jika panen ganyong dilakukan terlalu muda yaitu di bawah umur 6 bulan, hasil bobot umbi hanya sekitar 0,5 sampai 1 kilogram per rumpun dengan kandungan serat yang masih sangat tinggi dan kadar pati yang minim.
Teknik pembongkaran dilakukan dengan memotong batang ganyong menggunakan sabit hingga menyisa sekitar 10 sampai 15 sentimeter di atas permukaan tanah untuk memudahkan pegangan. Gunakan garpu tanah atau cangkul dengan jarak penggalian sekitar 20 hingga 30 sentimeter dari pangkal batang agar umbi tidak terluka atau terpotong. Satu rumpun ganyong yang dirawat dengan pemupukan organik teratur dapat menghasilkan 2 hingga 5 kilogram umbi basah segar.
Penanganan pascapanen dilakukan dengan membersihkan tanah yang menempel menggunakan sikat halus tanpa perlu mencuci umbi jika hendak disimpan lama. Anginkan umbi ganyong selama 2 hingga 3 hari di tempat teduh bersirkulasi udara baik untuk menyembuhkan luka bekas garpu tanah. Umbi yang sudah melalui proses penjemuran angin ini mampu bertahan disimpan di rak bambu atau keranjang berangin hingga 1 sampai 2 bulan tanpa kehilangan kualitas renyahnya.