Hama utama yang paling sering dijumpai pada bagian atas tanaman adalah ulat penggulung daun. Ulat ini merusak daun muda dengan cara menggulung helai daun menggunakan benang sutra tipis lalu memakan jaringan daun dari dalam. Untuk tindakan pencegahan awal, lakukan pemetikan daun yang menggulung setiap 3 hari sekali, atau semprotkan ekstrak daun mimba secara merata pada permukaan bawah dan atas daun untuk menekan perkembangan larva.
Pada bagian bawah tanah, bahaya utama berasal dari uret atau larva kumbang yang menggerogoti umbi ganyong yang sedang membesar. Masalah ini kerap timbul akibat penggunaan pupuk kandang yang belum terfermentasi sempurna. Pengolahan tanah secara mendalam dengan membalik tanah dan membiarkannya terpapar sinar matahari langsung selama 10 hingga 14 hari sebelum tanam sangat efektif membunuh telur serta larva hama tanah.
Penerapan Pengendalian Hama Terpadu (PHT) menjadi kunci utama dalam menjaga kelestarian kebun ganyong. Selain melakukan penyiangan gulma sebanyak 1-2 kali dalam sebulan, jaga kelembapan tanah agar tidak terlalu becek. Jika populasi hama sudah melebihi ambang batas ekonomi, segera konsultasikan ke petugas Balai Penyuluhan Pertanian (BPP) setempat untuk mendapatkan arahan opsi pengendalian lanjutan yang aman bagi lingkungan.