Penyebab utama busuk akar pisang adalah jamur Fusarium oxysporum f.sp. cubense (penyakit Panama) dan jamur Pythium spp. (busuk akar basah). Fusarium menyebabkan layu daun tua dan pembuluh akar berubah merah kecokelatan, sedangkan Pythium membuat akar lembek berair dan berbau busuk. Keduanya diperparah drainase buruk dan tanah asam (pH <5,5).
Untuk memastikan diagnosis, periksa akar: potong membujur. Jika terlihat garis merah pada pembuluh, curigai Fusarium. Jika akar seperti direbus dan berlendir, curigai Pythium. Ambil sampel akar dan tanah ke BPP atau laboratorium untuk konfirmasi. Hindari memindahkan tanah dari area terinfeksi ke lahan sehat.
Pengendalian dimulai dengan perbaikan drainase: buat saluran air selebar 30 cm dan dalam 40 cm antarbedengan. Tinggikan bedengan 20-30 cm. Gunakan bibit bebas penyakit (kultur jaringan). Untuk lahan terinfeksi, lakukan rotasi dengan tanaman non-pisang (padi, jagung) selama 2 tahun. Aplikasi pupuk organik (10-15 ton/ha) untuk memperbaiki struktur tanah dan mikroba antagonis. Jika terpaksa menggunakan fungisida, konsultasikan dosis dan cara pakai ke penyuluh setempat.