Menginjak usia produktif di atas 3 tahun, pemupukan malaka dialihkan untuk merangsang pembungaan dan pembuahan. Berikan pupuk majemuk NPK seimbang sebanyak 250-500 gram per pohon setiap 4 bulan sekali. Pada saat memasuki awal musim kemarau bulan Mei-Juni, kurangi unsur Nitrogen dan tingkatkan unsur Fosfor serta Kalium dengan dosis 300 gram per pohon untuk memperkuat tangkai buah dan meningkatkan kadar gula alamiah.
Selain pupuk makro, aplikasi pupuk mikro dan pembenah tanah sangat disarankan, terutama pada jenis tanah asam di wilayah Sumatra dan Kalimantan. Taburkan kapur pertanian atau dolomit sebanyak 1-2 kg per pohon setiap tahun sekali pada musim kemarau untuk menjaga pH tanah tetap ideal di angka 6,0-6,5. Tambahkan pula asam humat sebanyak 20-30 gram yang dilarutkan dalam air untuk menyiram perakaran guna meningkatkan kapasitas tukar kation tanah.
Teknik pengaplikasian pupuk malaka yang paling efektif adalah dengan membuat parit melingkar sekeliling proyeksi tajuk luar sedalam 10-15 cm. Masukkan campuran pupuk organik dan anorganik ke dalam parit tersebut, lalu tutup kembali dengan tanah galian dan siram hingga lembap. Hindari menempatkan pupuk langsung menempel pada pangkal batang utama untuk mencegah pembusukan leher akar akibat hawa panas proses dekomposisi pupuk.