Pemberian pupuk yang kurang seimbang juga menjadi pemicu utama kegagalan berbuah. Penggunaan pupuk bernitrogen tinggi secara terus-menerus akan membuat daun tumbuh sangat lebat, namun menekan fase generatif. Untuk memacu pembungaan pada pohon berumur di atas 2 tahun, berikan pupuk fosfat dan kalium tinggi sebanyak 200 hingga 300 gram per pohon yang diaplikasikan dua kali setahun, yaitu pada akhir musim hujan dan pertengahan musim kemarau.
Di wilayah beriklim tropis, teknik stres air terukur dapat diterapkan pada awal musim kemarau untuk menginduksi pembungaan. Penghentian penyiraman selama 7 sampai 10 hari hingga daun sedikit layu, kemudian dilanjutkan dengan penyiraman jenuh sebanyak 20 hingga 30 liter air per pohon, terbukti efektif merangsang munculnya pentil bunga secara serentak dalam waktu 2 sampai 3 minggu setelah perlakuan.
Pemangkasan rutin merupakan langkah wajib yang tidak boleh terlewatkan dalam perawatan jeruk nipis. Tunas air atau cabang vegetatif yang tumbuh lurus ke atas tanpa membawa bunga harus dipangkas habis setiap 1 bulan sekali. Pemangkasan ini bertujuan agar nutrisi tanah tidak terbuang sia-sia dan sirkulasi udara di dalam tajuk pohon tetap optimal sehingga terhindar dari serangan hama penyerang bunga.