Penyiraman dilakukan secara teratur 1 kali sehari pada pagi hari saat musim kemarau, dan disesuaikan saat musim hujan agar media tanam tidak becek. Pemupukan rutin dilakukan setiap 3 bulan sekali menggunakan 5 hingga 10 kg pupuk organik matang per pohon. Pada fase vegetatif dan generatif, tambahkan pupuk NPK berimbang dengan pola penaburan melingkar di bawah tajuk daun, sejauh 20 hingga 30 cm dari pangkal batang.
Pemangkasan merupakan kunci utama menjaga jeruk nipis tetap produktif dan sehat. Lakukan pemangkasan bentuk dan pemeliharaan setiap 2 bulan sekali untuk membuang tunas air (tunas vegetatif yang tumbuh cepat namun jarang berbuah), cabang yang bersilangan, serta ranting yang kering atau terserang penyakit. Pemangkasan ini membuka sirkulasi udara dan memastikan cahaya matahari menembus bagian dalam tajuk tanaman.
Pengendalian hama dan penyakit dilakukan secara terpadu, terutama saat peralihan musim (pancaroba) di Indonesia. Waspadai serangan pengorok daun yang membuat daun menggulung serta penyakit busuk akar akibat genangan air di musim hujan. Jaga sanitasi area sekitar piringan pohon dari gulma dan daun busuk untuk memutus siklus hidup hama dan jamur patogen.