Penyebab paling umum adalah defisiensi unsur hara makro dan mikro, terutama nitrogen, magnesium, dan zat besi. Kekurangan nitrogen ditandai dengan daun tua yang menguning secara merata dari pangkal ke ujung, sedangkan kekurangan magnesium memperlihatkan pola kuning di antara tulang daun dengan bentuk V berwarna hijau yang tersisa di pangkal. Pada tanah dengan pH di luar rentang ideal 5,5 hingga 6,5, penyerapan hara ini akan terhambat meskipun pupuk telah diberikan.
Selain faktor nutrisi, musim kemarau memicu peningkatan populasi hama pengisap seperti tungau merah dan kutu loncat jeruk (Diaphorina citri). Tungau mengisap cairan sel daun sehingga meninggalkan bintik-bintik kuning halus pada permukaan atas daun, sementara kutu loncat berperan sebagai vektor penyakit mematikan CVPD (Citrus Vein Phloem Degeneration) yang menyebabkan pola kuning belang tidak simetris.
Pengelolaan masalah daun kuning memerlukan kombinasi tindakan teknis yang konsisten. Penyiraman teratur sebanyak 10 hingga 15 liter per pohon dewasa setiap 2 hingga 3 hari sekali, pemberian pupuk kompos matang sebanyak 5 hingga 10 kg per pohon setiap 3 bulan, serta sanitasi kebun dapat mengembalikan kesegaran daun jeruk nipis Anda.