Pada fase generatif untuk tanaman berumur 2 tahun ke atas, pemupukan bertujuan merangsang pembungaan dan pembentukan buah yang manis segar. Aplikasi pupuk dilakukan 3 kali dalam setahun, yaitu pada awal musim hujan bulan November, pertengahan musim hujan bulan Februari, dan awal musim kemarau bulan Mei atau Juni. Dosis pupuk organik ditingkatkan menjadi 20 hingga 30 kg per pohon per tahun, ditambah pupuk kaya Fosfor dan Kalium sebanyak 200 hingga 300 gram per pohon.
Cara aplikasi pupuk jeruk nipis yang benar adalah membuat parit melingkar atau sistem rorak sedalam 10 hingga 15 cm tepat di bawah tajuk luar pohon, kira-kira sejauh 50 hingga 100 cm dari batang utama. Jangan menumpuk pupuk langsung menempel pada batang utama karena dapat memicu kebusukan pangkal batang akibat serangan jamur dan hawa panas dari dekomposisi pupuk.
Pemberian unsur hara mikro seperti Seng, Besi, dan Magnesium disemprotkan melalui daun sebanyak 2 hingga 3 kali per tahun saat tunas daun muda mulai bermunculan. Pengapuran menggunakan kapur pertanian atau dolomit sebanyak 1 hingga 2 kg per pohon wajib dilakukan jika pH tanah di bawah 5,5, idealnya ditaburkan 1 bulan sebelum pemupukan organik pada awal musim hujan.