Gejala serangan penyakit seperti kanker jeruk umumnya ditandai dengan munculnya bercak melingkar serupa gabus berdiameter 2 hingga 5 milimeter pada permukaan daun, ranting, dan buah. Sementara itu, penyakit busuk batang atau blendok kerap menyebabkan pangkal batang mengeluarkan cairan lengket berwarna cokelat keemasan yang membuat kulit kayu pecah dan mengelupas.
Untuk area pertanaman jeruk nipis seluas 100 meter persegi, pemeliharaan rutin berupa pemangkasan kanopi sangat krusial agar sinar matahari dapat menembus bagian dalam tanaman minimal 70 persen. Pembuatan saluran drainase sedalam 30 centimeter di sekitar piringan pohon juga wajib dilakukan untuk memastikan air hujan langsung mengalir dan tidak menggenangi area perakaran.
Pengobatan penyakit dapat dikombinasikan antara pembersihan jaringan tanaman yang sakit serta aplikasi agens hayati atau fungisida dan bakterisida berbahan aktif tembaga. Semprotkan bahan penyembuh ini secara berkala setiap 7 hingga 10 hari sekali pada pagi hari saat tidak turun hujan, dan selalu berkonsultasi dengan penyuluh pertanian setempat.