Pada fase vegetatif yaitu umur 1 sampai 3 tahun, fokus pemupukan bertujuan untuk memperkuat akar, batang, dan merangsang pembentukan cabang baru. Berikan pupuk NPK berimbang dengan frekuensi 4 kali dalam setahun atau setiap 3 bulan sekali. Dosis dimulai dari 100 gram per pohon pada tahun pertama, meningkat menjadi 250 gram pada tahun kedua, dan 500 gram pada tahun ketiga yang ditaburkan merana di dalam parit melingkar di bawah tajuk tanaman.
Saat tanaman mundu memasuki fase generatif pada umur 4 tahun ke atas, pola pemupukan digeser untuk merangsang pembungaan dan pembuahan. Aplikasikan pemupukan 2 kali dalam setahun, yaitu pada peralihan musim kemarau ke musim hujan di bulan September dan pada akhir musim hujan di bulan April. Berikan 20 kg pupuk organik matang dipadukan dengan pupuk NPK berkadar kalium tinggi sebanyak 1 kg per pohon secara bertahap.
Kondisi kemasaman tanah juga sangat mempengaruhi penyerapan pupuk mundu di dalam tanah. Jika pH tanah berada di bawah 6,0, berikan kapur pertanian atau dolomit sebanyak 500 gram hingga 1 kg per pohon pada musim kemarau. Tambahkan pula mulsa organik seperti jerami atau daun kering setebal 5 cm di piringan pohon untuk menjaga kelembapan tanah serta merangsang aktivitas mikroba mikoriza alami.