Serangan hama pada mundu kerap meningkat saat masa peralihan musim atau pancaroba. Dua hama yang sering menjadi kendala utama adalah kutu perisai yang mengisap cairan daun dan penggerek batang yang merusak jaringan kayu. Untuk menekan populasinya, petani disarankan melakukan pemangkasan pemeliharaan cabang sejauh 15 hingga 20 cm dari piringan dalam tajuk agar sirkulasi udara dan cahaya matahari dapat masuk secara optimal.
Pada periode pembuahan yang biasanya berlangsung antara bulan Oktober hingga Februari, lalat buah menjadi ancaman serius bagi kualitas panen mundu. Lalat buah betina akan menyuntikkan telurnya ke dalam kulit buah muda berdiameter 2 hingga 3 cm. Apabila tidak ditangani dengan pemasangan perangkap beratraktan sebanyak 2 hingga 3 titik per hektar, buah mundu akan membusuk dan gugur sebelum matang sempurna.
Pengendalian hama terpadu (PHT) merupakan pendekatan terbaik dalam merawat pohon mundu secara ramah lingkungan. Kombinasi antara pembersihan gulma di sekitar piringan pohon seluas radius 1 meter, pemanfaatan musuh alami, serta penyemprotan ekstrak daun mimba atau pestisida nabati secara rutin setiap 7 hari sekali mampu menjaga keseimbangan ekosistem kebun sekaligus mengamankan hasil panen.