Memasuki fase vegetatif umur 1 sampai 3 tahun, aplikasi pupuk menteng berfokus pada pembentukan tajuk dan perakaran yang kuat. Berikan pupuk NPK seimbang sebanyak 200 hingga 500 gram per pohon yang dibagi menjadi tiga kali aplikasi dalam setahun, yaitu pada awal musim hujan, pertengahan musim hujan di bulan Februari, dan akhir musim hujan di bulan April. Pupuk ditabur secara merata di bawah tajuk luar tanaman lalu ditutup kembali dengan tanah setebal 2 hingga 3 sentimeter.
Saat tanaman menteng memasuki fase generatif atau siap berbuah pada umur 4 tahun ke atas, porsi pupuk fosfor dan kalium harus ditingkatkan untuk merangsang pembungaan. Berikan pupuk pendukung pembungaan sebanyak 1 sampai 2 kilogram per pohon pada awal musim kemarau sekitar bulan Juni atau Juli. Kombinasikan juga dengan pemberian pupuk kandang susulan sebanyak 20 kilogram per pohon setiap satu tahun sekali setelah masa panen selesai untuk memulihkan stamina tanaman.
Metode aplikasi pemupukan menteng yang paling efektif adalah dengan membuat parit melingkar sedalam 10 hingga 15 sentimeter persis di bawah garis lingkaran tajuk daun luar. Hindari menaruh pupuk langsung menempel pada pangkal batang utama karena dapat memicu kebusukan akar dan batang akibat panas pemupukan. Selalu lakukan penyiraman sebanyak 10 hingga 15 liter air per pohon segera setelah pupuk anorganik diaplikasikan pada musim kemarau.