Masalah utama pada tanaman menteng umumnya disebabkan oleh tiga jenis organisme pengganggu, yaitu ulat pengerek buah, lalat buah, dan kutu putih. Populasinya cenderung meningkat pesat saat peralihan musim kemarau ke musim hujan, ketika kelembapan udara meningkat di atas 80 persen dan tajuk pohon terlalu rimbun. Kelembapan tinggi tanpa sirkulasi udara yang baik menciptakan mikroiklim ideal bagi hama untuk berkembang biak dan merusak jaringan tanaman.
Pengendalian terpadu harus dimulai dengan pemangkasan pemeliharaan untuk memastikan minimal 70 persen sinar matahari masuk menembus sela-sela cabang internal pohon. Pembersihan area piringan tanah dari buah yang gugur dan busuk harus dilakukan minimal 2 kali seminggu agar larva lalat buah tidak masuk ke dalam tanah untuk menjadi kepompong. Selain itu, pembungkusan dompolan buah muda menggunakan kantong berpori saat buah berukuran sebesar kelereng efektif mencegah serangan pengerek.
Penerapan agen hayati seperti jamur Beauveria bassiana atau semprotan pestisida nabati berbasis minyak mimba dapat dilakukan rutin setiap 7 hingga 10 hari sekali pada pagi hari. Jika populasi hama sudah melampaui ambang ekonomi, penggunaan intervensi kimiawi dapat dipertimbangkan sebagai langkah terakhir. Selalu konsultasikan pemilihan jenis bahan aktif kimia dengan petugas BPP setempat agar tepat sasaran dan aman bagi lingkungan.