Pemupukan organik juga sangat dianjurkan untuk menjaga kesehatan tanah. Gunakan pupuk kandang yang sudah matang (kotoran sapi atau ayam) sebanyak 1-2 genggam per tanaman setiap 3 bulan, dicampur dengan media tanam. Kompos dari sisa tanaman atau daun kering juga bisa ditambahkan dengan dosis 2-3 genggam per tanaman setiap bulan. Pupuk organik membantu memperbaiki struktur tanah dan menyediakan unsur hara mikro. Hindari penggunaan pupuk kandang yang masih segar karena dapat membakar akar dan menarik hama.
Frekuensi pemupukan perlu disesuaikan dengan musim. Di musim hujan (Oktober-Maret), curah hujan tinggi dapat menyebabkan pupuk cepat tercuci, sehingga pemupukan bisa ditingkatkan menjadi setiap 10 hari sekali dengan dosis setengah dari biasanya. Di musim kemarau (April-September), pemupukan cukup setiap 3 minggu sekali karena pertumbuhan lebih lambat. Pastikan media tanam memiliki drainase baik untuk mencegah genangan yang bisa menyebabkan busuk umbi. Jika tanaman menunjukkan gejala kekurangan unsur hara (daun menguning, pertumbuhan kerdil), segera lakukan pemupukan daun dengan pupuk cair yang mengandung unsur mikro, seperti yang mengandung Zn, Fe, atau Mg, dengan cara disemprotkan ke daun setiap 1-2 minggu.
Setelah berbunga, potong tangkai bunga untuk menghemat energi tanaman, tetapi biarkan daun tetap hijau hingga menguning alami. Selama masa istirahat (setelah daun layu), kurangi penyiraman dan hentikan pemupukan selama 2-3 bulan. Setelah itu, lakukan pemupukan awal lagi dengan NPK seimbang untuk merangsang pertumbuhan tunas baru. Dengan pemupukan yang tepat dan konsisten, bunga bakung Anda akan berbunga setiap tahun dengan indah.