Penyakit bercak daun (Botrytis elliptica) ditandai dengan bercak coklat berbentuk oval pada daun dan bunga, yang kemudian meluas dan menyebabkan jaringan mati. Penyakit ini menyebar melalui percikan air hujan atau irigasi. Solusinya adalah memangkas bagian yang terinfeksi, menjaga sirkulasi udara dengan jarak tanam 20-30 cm, dan menghindari penyiraman dari atas. Jika parah, konsultasikan dengan penyuluh untuk fungisida yang sesuai.
Busuk umbi (Fusarium oxysporum) menyebabkan umbi lunak, berwarna coklat, dan berbau busuk. Tanaman layu mendadak meski tanah lembab. Penyebabnya adalah drainase buruk dan tanah terkontaminasi. Pencegahan: gunakan umbi sehat, tanam di bedengan dengan drainase baik, dan rotasi tanaman (jangan tanam bawang-bawangan setelah bakung). Jika sudah terinfeksi, cabut dan musnahkan tanaman, lalu sterilkan tanah dengan solarisasi (tutup tanah plastik bening 4-6 minggu).
Layu bakteri (Erwinia carotovora) muncul sebagai layu tiba-tiba disertai lendir pada pangkal batang dan umbi membusuk basah. Penyebaran melalui alat tanam dan air. Solusi: gunakan pisau steril saat memotong umbi, hindari luka pada umbi, dan perbaiki drainase. Untuk pencegahan, rendam umbi dalam larutan bakterisida alami (misal ekstrak bawang putih 10%) selama 15 menit sebelum tanam. Segera musnahkan tanaman sakit dan jangan tanam di lahan yang sama selama 2 tahun.