Pada musim kemarau, hama penghisap seperti kutu daun dan thrips berkembang sangat cepat karena suhu udara yang hangat dan kelembapan rendah. Serangan thrips ditandai dengan garis keperakan pada daun serta kelopak bunga yang mengering, sementara kutu daun menyebabkan daun mengeriting dan mengeluarkan embun jelaga. Pemasangan perangkap kuning berkat sebanyak 40 buah per hektar sangat efektif mengurangi populasi serangga dewasa.
Saat musim hujan tiba, tantangan bergeser pada hama pengorok daun dan ulat grayak yang menyukai kelembapan tinggi. Larva pengorok daun membuat alur meliuk-liuk berwarna putih transparan di dalam jaringan daun sehingga mengganggu proses fotosintesis secara signifikan. Sanitasi lingkungan dengan memotong dan membuang daun yang terinfeksi setidaknya 1 kali seminggu dapat memutus siklus hidup hama ini.
Pengendalian ramah lingkungan dapat dilakukan menggunakan semprotan ekstrak daun mimba atau jamur entomopatogen yang diaplikasikan setiap 5 hingga 7 hari sekali. Kombinasi antara perangkap fisik, jaring serangga pada rumah lindung, dan pemangkasan teratur akan meminimalkan penggunaan bahan kimia sintetis, sehingga tanaman krisan tetap sehat dan bernilai jual tinggi.