Penyakit karat putih menjadi ancaman utama budidaya krisan di Indonesia, terutama ketika jarak tanam terlalu rapat kurang dari 15 x 15 cm. Gejala awal ditandai dengan bintik kuning di permukaan atas daun dan pustul menonjol berwarna putih keperakan di permukaan bawah daun yang dapat menggagalkan panen bunga.
Selain karat putih, penyakit layu fusarium dan busuk batang sering muncul saat drainase media tanam buruk dan tergenang air hujan selama lebih dari 2 jam. Batang tanaman akan berubah menjadi cokelat kehitaman, melunak pada bagian pangkal, dan menyebabkan seluruh jaringan tanaman layu secara permanen dalam waktu 3 hingga 5 hari.
Pengendalian penyakit krisan memerlukan kombinasi tindakan mekanis dan hayati, seperti pemangkasan daun bergejala setiap 3 hari sekali dan pengaturan naungan plastik UV dengan kerapatan 70%. Penyemprotan agen hayati atau fungisida protektif dilakukan secara berkala seminggu sekali pada pagi hari pukul 06.00 hingga 08.00 WIB untuk menjaga kualitas bunga tetap prima.