Penyakit yang paling umum pada bougenville saat musim hujan adalah bercak daun akibat jamur Cercospora atau Alternaria. Ciri khasnya: bercak bulat kecil (2-5 mm) dengan tepi ungu dan pusat abu-abu, menyebar dari daun bawah ke atas. Selain itu, busuk akar dan batang (Rhizoctonia, Pythium) sering terjadi jika media tanam terlalu basah, ditandai dengan daun layu mendadak meski tanah lembab, akar coklat kehitaman, dan batang lunak. Penyakit lain adalah embun tepung (Oidium) yang muncul sebagai tepung putih pada daun muda, terutama saat lembab dan sirkulasi udara buruk.
Untuk membedakan penyebab, perhatikan pola gejala. Bercak daun jamur biasanya tidak menyebabkan layu cepat, sedangkan busuk akar menyebabkan layu permanen dalam 1-2 hari. Embun tepung hanya menyerang daun muda dan tunas. Jika ada bercak basah dan berlendir, kemungkinan bakteri (Pseudomonas) yang menyebar cepat saat hujan deras. Jangan lupa juga faktor fisiologis: daun kuning dan rontok bisa karena stress air (terlalu basah atau kering) atau kekurangan nutrisi (terutama nitrogen dan magnesium).
Penanganan disesuaikan dengan penyebab. Untuk jamur, kurangi kelembaban dengan memperbaiki drainase, jarak tanam, dan pangkas bagian terinfeksi. Semprotkan fungisida berbahan aktif mankozeb atau tembaga sesuai label. Untuk busuk akar, ganti media tanam yang porous, kurangi penyiraman hingga tanah benar-benar kering. Jika bakteri, potong jaringan sakit dan semprot bakterisida (misal streptomisin). Pastikan alat potong steril. Untuk masalah nutrisi, beri pupuk seimbang (NPK 16-16-16) sebulan sekali saat musim hujan. Konsultasi dengan penyuluh setempat untuk dosis dan produk yang sesuai.