Penyakit yang paling sering menyerang tajuk bougenville adalah bercak daun jamur Cercospora dan Colletotrichum. Gejala khas berupa bintik cokelat kehitaman berukuran 2 hingga 5 milimeter yang dikelilingi lingkaran kuning pada permukaan daun. Jika dibiarkan tanpa tindakan pemangkasan sanitasi seminggu sekali, infeksi ini dapat menyebabkan kerontokan daun hingga 70 persen dan merusak estetika seludang bunga.
Masalah serius lainnya pada area bawah tanah adalah busuk akar yang disebabkan oleh cendawan Phytophthora. Penyakit ini umumnya muncul pada pot yang tidak memiliki drainase lancar, di mana media tanam menggenang lebih dari 12 jam setelah hujan deras. Gejalanya ditandai dengan daun yang layu terkulai secara mendadak meskipun tanah terlihat sangat basah, diikuti dengan pembusukan jaringan pangkal batang.
Untuk mengatasi serangan penyakit ini, penataan ulang jarak antar pot minimal 1 meter sangat dianjurkan guna memaksimalkan sirkulasi udara dan paparan sinar matahari langsung minimal 6 jam sehari. Selain itu, penggantian 30 persen media tanam bagian atas dengan campuran pasir malang dan sekam bakar dengan perbandingan 1:1 akan membantu mempercepat pembuangan air berlebih di musim hujan.
