Panen daun ginseng jawa dapat dilakukan saat tanaman berumur 30-40 hari setelah tanam. Daun yang siap panen memiliki ciri berwarna hijau segar, tidak terlalu tua, dan masih muda. Petik pucuk daun beserta tangkainya sepanjang 5-10 cm. Lakukan pemetikan setiap 1-2 minggu sekali agar tanaman terus menghasilkan tunas baru. Jangan memetik lebih dari 1/3 bagian daun tanaman dalam sekali panen.
Panen umbi ginseng jawa dilakukan setelah tanaman berumur 3-4 bulan atau saat daun mulai menguning dan batang mulai rebah. Umbi siap panen jika sudah mencapai ukuran minimal 2-3 cm diameter dan terasa padat. Gali tanah secara hati-hati menggunakan garpu atau cangkul kecil agar umbi tidak rusak. Bersihkan umbi dari tanah dan akar halus. Hasil panen umbi segar bisa mencapai 0,5-1 kg per tanaman.
Setelah panen, daun dapat langsung dikonsumsi atau dijemur untuk dijadikan teh. Umbi dapat disimpan di tempat sejuk dan kering selama 1-2 minggu. Untuk penyimpanan lebih lama, umbi bisa diiris tipis dan dikeringkan. Pastikan panen dilakukan pada pagi hari saat suhu masih sejuk untuk menjaga kesegaran. Rotasi panen daun dan umbi perlu diatur agar tanaman tidak terlalu stres.