Untuk memanen jengkol, gunakan galah atau bambu panjang yang ujungnya diberi pisau atau sabit untuk memotong tangkai buah. Jika pohon rendah, bisa dipetik langsung. Hindari memanjat pohon karena ranting mudah patah. Panen sebaiknya dilakukan pagi hari (pukul 06.00-09.00) saat kadar air biji masih tinggi sehingga tidak cepat kering. Potong tangkai buah dengan hati-hati agar tidak merusak cabang yang masih produktif. Buah yang jatuh ke tanah segera dikumpulkan untuk mencegah kerusakan.
Setelah dipanen, polong jengkol harus segera diproses. Kupas polong dengan pisau atau tangan untuk mengeluarkan biji. Biji jengkol segar bisa langsung dijual atau diolah. Untuk penyimpanan, jemur biji di bawah sinar matahari selama 2-3 hari hingga kadar air turun menjadi sekitar 10-12%. Biji kering dapat disimpan dalam wadah kedap udara di tempat sejuk dan kering hingga 6 bulan. Jika ingin menjual dalam bentuk polong segar, simpan di suhu ruang dan konsumsi dalam 1-2 minggu.
Produktivitas pohon jengkol dewasa (usia 5-10 tahun) bisa mencapai 50-100 kg biji per pohon per musim. Harga jual jengkol segar di pasaran nasional berkisar Rp 30.000-50.000 per kg, tergantung kualitas dan musim. Untuk mendapatkan hasil optimal, lakukan pemupukan setelah panen dengan pupuk kandang 10-20 kg per pohon dan pupuk NPK 15-15-15 sebanyak 500 gram per pohon. Pemangkasan cabang yang tidak produktif juga penting untuk merangsang pembentukan buah pada musim berikutnya.