Busuk akar biasanya muncul saat musim hujan atau drainase buruk. Gejalanya: daun menguning, layu, batang lembek, dan akar berwarna coklat kehitaman. Jika tanaman dicabut, akar terlihat busuk dan berbau. Penyebab utamanya adalah kelembaban tanah berlebih dan patogen tular tanah. Solusinya: perbaiki drainase, jangan terlalu sering menyiram (cukup 2-3 hari sekali jika tidak hujan), dan cabut tanaman sakit lalu bakar.
Bercak daun ditandai dengan bintik-bintik kecil coklat kehitaman pada daun, yang lama-lama melebar dan menyebabkan daun mengering. Penyebabnya adalah kelembaban udara tinggi dan sisa tanaman sakit. Cegah dengan jarak tanam tidak terlalu rapat (minimal 20x20 cm), hindari penyiraman dari atas, dan buang daun sakit. Jika serangan berat, semprot dengan fungisida nabati seperti ekstrak bawang putih atau serai, atau konsultasi ke BPP setempat.
Pencegahan lebih baik daripada mengobati. Tanam ginseng jawa di media porous (campuran tanah, kompos, sekam). Lakukan rotasi tanaman dengan sayuran lain (misal kangkung atau bayam) setiap 2 musim. Pastikan sinar matahari cukup (minimal 6 jam sehari). Dengan perawatan tepat, tanaman Anda akan sehat dan produktif sepanjang tahun.