Untuk daun, panen pertama dilakukan saat tanaman berumur 30-40 hari setelah tanam, dengan tinggi sekitar 20-30 cm. Daun yang siap panen berwarna hijau segar, belum menguning, dan masih lunak. Petik daun bersama tangkai sepanjang 10-15 cm, sisakan 2-3 daun terbawah agar tanaman tetap tumbuh. Panen selanjutnya bisa dilakukan setiap 10-14 hari sekali.
Tangkai bunga eceng dipanen saat masih kuncup, sebelum mekar. Biasanya muncul setelah tanaman berumur 40-60 hari. Kuncup yang baik berwarna hijau keunguan, padat, dan panjang 8-12 cm. Petik dengan tangan atau gunting bersih, jangan sampai merusak batang utama. Panen tangkai bunga bisa dilakukan 2-4 kali dalam satu siklus tanam.
Waktu panen terbaik adalah pagi hari (06.00-09.00) saat suhu masih sejuk untuk menjaga kesegaran. Hindari panen saat hujan deras karena daun mudah rusak dan basah. Setelah panen, segera cuci bersih dan rendam dalam air dingin untuk mempertahankan kerenyahan. Eceng segar bisa bertahan 2-3 hari di lemari pendingin dalam wadah tertutup.