Penyebab utama daun eceng menguning adalah kekurangan unsur hara, terutama nitrogen (N) dan zat besi (Fe). Tanaman air seperti eceng sangat bergantung pada ketersediaan hara dalam air. Jika air kolam atau sawah miskin hara, daun akan menguning mulai dari ujung. Ciri khasnya: daun tua menguning merata, pertumbuhan lambat. Solusinya: beri pupuk organik cair atau pupuk daun yang mengandung N dan Fe setiap 7-10 hari sekali, sesuai dosis pada label. Jangan gunakan pupuk kimia berlebihan karena bisa memicu pertumbuhan alga.
Penyebab kedua adalah serangan hama, terutama kutu daun (Aphis spp.) dan ulat. Kutu daun menghisap cairan daun sehingga daun menguning, keriting, dan lengket. Ulat memakan epidermis daun, meninggalkan bercak kuning atau lubang. Ciri khas: ada kutu atau ulat di permukaan daun, serta embun madu (lendir) pada daun. Solusinya: semprot dengan insektisida nabati seperti ekstrak daun mimba atau bawang putih. Jika serangan berat, gunakan insektisida kimia sesuai rekomendasi penyuluh setempat. Jangan lupa menjaga kebersihan kolam dan memotong daun yang terserang.
Penyebab ketiga adalah kondisi lingkungan yang ekstrem, seperti suhu air terlalu tinggi (>35°C) atau pH air tidak seimbang (ideal pH 6-7). Pada musim kemarau, air menguap dan suhu naik, menyebabkan daun terbakar dan menguning. Ciri khas: daun menguning di tepi atau bercak coklat, tanaman layu. Solusinya: tambah volume air agar suhu stabil, lakukan shading dengan jaring 50% jika perlu. Ukur pH air secara rutin dengan kertas lakmus; jika terlalu asam, tambah kapur dolomit secukupnya. Jika terlalu basa, beri pupuk organik atau asam humat.