Bercak daun jamur (Cercospora sp.) muncul sebagai bintik kecil cokelat kehitaman dengan halo kuning di sekelilingnya. Bercak menyatu membentuk area mati besar, daun mengering dan gugur. Penyakit ini menyebar melalui percikan air hujan atau irigasi. Kelembaban >85% dan suhu 25-30°C memicu perkembangan. Pada eceng yang ditanam rapat, kelembaban di tajuk lebih tinggi sehingga risiko meningkat.
Busuk batang bakteri (Erwinia sp.) menyebabkan batang lembek, berlendir, berbau busuk, dan daun layu mendadak. Biasanya dimulai dari bagian batang yang terluka atau terendam air. Bakteri masuk melalui luka akibat hama atau alat panen. Penyakit ini cepat menyebar pada genangan air dan suhu hangat. Jika tanaman dicabut, pangkal batang terlihat berair dan berwarna cokelat.
Pengendalian terbaik adalah pencegahan: tanam dengan jarak 20x20 cm agar sirkulasi udara baik, hindari genangan lebih dari 2 cm, dan lakukan rotasi tanaman dengan padi atau kangkung. Untuk bercak daun, semprotkan fungisida berbahan aktif tembaga atau mankozeb sesuai label. Untuk busuk batang, gunakan bakterisida berbahan aktif streptomisin atau oxytetracycline. Konsultasikan dosis dengan penyuluh BPP setempat. Segera musnahkan tanaman terserang berat dengan membakar atau mengubur dalam.