Pemupukan susulan pertama dilakukan saat tanaman berumur 10-14 hari setelah tanam (HST). Gunakan pupuk NPK 16-16-16 atau setara dengan dosis 200-300 kg per hektar. Untuk pekebun rumahan, cukup 20-30 gram per meter persegi. Taburkan pupuk secara merata di sekitar tanaman, lalu siram dengan air bersih. Hindari pemberian pupuk berlebihan karena dapat menyebabkan pertumbuhan vegetatif berlebihan dan mengurangi kualitas daun.
Pemupukan kedua dilakukan pada umur 30-35 HST, bersamaan dengan penyiangan. Gunakan pupuk urea 50-100 kg per hektar (5-10 gram per meter persegi) untuk mendorong pertumbuhan daun. Jika tanah sudah subur, cukup gunakan pupuk organik cair seperti ekstrak kompos atau mol dengan dosis 2-3 liter per 10 liter air, disemprotkan ke daun setiap 7-10 hari. Pemupukan lewat daun sangat efektif pada musim kemarau karena air tanah terbatas.
Perhatikan juga kondisi air. Eceng membutuhkan genangan air setinggi 5-10 cm. Jika air terlalu dalam, pupuk mudah larut dan hilang. Pada musim hujan, kurangi dosis pupuk nitrogen karena tanah sudah kaya nitrogen dari air hujan. Sebaliknya, pada musim kemarau, tingkatkan dosis pupuk kalium untuk menjaga ketahanan tanaman. Selalu konsultasikan dosis pupuk dengan penyuluh pertanian setempat atau BPP untuk hasil optimal.