Ciri-ciri genjer siap panen: tinggi tanaman mencapai 30-50 cm, daun berwarna hijau segar, dan tangkai daun renyah. Panen dilakukan pada pagi atau sore hari saat suhu tidak terlalu panas untuk menjaga kesegaran. Gunakan pisau atau sabit tajam untuk memotong tangkai daun 5-10 cm di atas permukaan air atau tanah. Sisakan pangkal batang dan akar agar tunas baru tumbuh untuk panen berikutnya. Genjer dapat dipanen setiap 10-14 hari sekali hingga 3-4 kali panen.
Pasca panen, bersihkan genjer dari kotoran atau hama dengan air bersih. Sortasi berdasarkan ukuran dan kesegaran. Simpan di tempat teduh dengan suhu 10-15°C untuk menjaga kerenyahan. Untuk penyimpanan lebih lama, genjer dapat direbus sebentar lalu dibekukan. Hindari penyimpanan lebih dari 3 hari pada suhu ruang karena daun cepat layu.
Produktivitas genjer mencapai 2-3 kg per meter persegi per panen. Di musim hujan, pertumbuhan lebih cepat sehingga panen bisa lebih awal (35-40 HST). Di musim kemarau, pastikan ketersediaan air mencukupi dengan irigasi dangkal. Pemupukan menggunakan pupuk kandang atau kompos 1-2 kg/m² setiap 2 minggu setelah tanam dapat meningkatkan hasil.