Busuk batang genjer disebabkan oleh jamur Pythium sp. yang menyerang pangkal batang. Ciri khasnya: batang lembek, berair, berwarna coklat kehitaman, dan berbau busuk. Daun menguning lalu layu. Penyakit ini cepat menyebar jika air tergenang. Solusinya: perbaiki drainase, kurangi genangan, dan cabut tanaman sakit segera. Jangan gunakan pestisida kimia tanpa konsultasi penyuluh terlebih dahulu.
Bercak daun genjer disebabkan oleh jamur Cercospora sp. atau bakteri Pseudomonas sp. Gejalanya: bercak bulat kecil berwarna coklat atau hitam pada daun, tepi kuning, lalu mengering dan berlubang. Serangan parah menyebabkan daun gugur. Solusinya: atur jarak tanam agar tidak terlalu rapat, potong daun sakit, dan semprot dengan fungisida berbahan aktif tembaga atau mankozeb sesuai dosis label. Untuk bakteri, gunakan bakterisida berbahan aktif streptomisin sulfat. Konsultasikan dengan BPP setempat.
Pencegahan lebih baik daripada mengobati. Lakukan rotasi tanam dengan sayuran bukan sefamili (misal kangkung atau bayam). Gunakan bibit sehat dari sumber terpercaya. Di musim hujan, naikkan bedengan atau buat saluran drainase. Pantau tanaman setiap 3-4 hari. Jika >20% tanaman terserang, segera bawa sampel ke penyuluh pertanian untuk diagnosis laboratorium.