Penyebab paling umum daun genjer menguning adalah kekurangan unsur hara, terutama nitrogen (N) dan zat besi (Fe). Kekurangan N ditandai dengan daun tua yang menguning merata, dimulai dari ujung daun. Kekurangan Fe menyebabkan daun muda menguning di antara tulang daun (klorosis interveinal). Solusinya: aplikasi pupuk kandang yang matang (2-3 kg/m² per musim tanam) atau pupuk urea (hanya jika diperlukan, ikuti dosis pada label). Untuk Fe, semprotkan pupuk daun yang mengandung mikroelemen sesuai petunjuk.
Hama juga bisa menyebabkan daun menguning. Ulat penggulung daun (Nymphula spp.) membuat daun tergulung dan menguning. Kutu daun (Aphis gossypii) menghisap cairan daun sehingga daun menguning dan keriput. Solusi: untuk ulat, kumpulkan dan musnahkan gulungan daun. Untuk kutu daun, semprot dengan air sabun (1 sendok sabun cair per liter air) atau gunakan predator alami seperti kumbang Coccinellidae. Hindari pestisida kimia berlebihan karena genjer sering dikonsumsi segar.
Kondisi air yang terlalu dalam atau terlalu dangkal juga memicu daun menguning. Genjer membutuhkan air setinggi 10-20 cm dari permukaan tanah. Jika air terlalu dalam (>30 cm), akar sulit bernapas. Jika terlalu kering, tanaman stres. Atur tinggi air dengan membuat saluran drainase atau tambah air saat kemarau. Pastikan air tidak tergenang terlalu lama untuk mencegah busuk akar. Jika semua faktor sudah diperbaiki tetapi daun tetap kuning, bawa sampel tanaman ke BPP setempat untuk uji laboratorium.