Pupuk dasar diberikan saat persiapan lahan, berupa pupuk kandang atau kompos sebanyak 5-10 ton per hektar. Pupuk kandang ayam atau sapi yang sudah matang sangat baik karena kaya nitrogen. Sebarkan merata di atas bedengan atau permukaan lahan yang sudah digenangi air setinggi 5-10 cm, lalu aduk dengan tanah. Ini akan menjadi sumber nutrisi jangka panjang.
Pemupukan susulan dilakukan dua kali. Pertama saat tanaman berumur 10-15 hari setelah tanam, gunakan pupuk urea atau ZA dengan dosis sesuai rekomendasi setempat (konsultasikan dengan penyuluh). Taburkan di sekitar tanaman, lalu tutup dengan tanah. Kedua saat umur 25-30 hari, gunakan pupuk NPK (15-15-15) atau KCl untuk memperkuat batang dan daun. Hentikan pemupukan 1 minggu sebelum panen.
Perhatikan kondisi air: genangan air jangan terlalu dalam (cukup 5-10 cm) agar pupuk tidak larut berlebihan. Jika musim hujan, kurangi dosis pupuk nitrogen karena risiko pencucian. Gunakan pupuk organik cair sebagai tambahan, misalnya dari fermentasi urine sapi atau air cucian beras, disemprotkan ke daun setiap 2 minggu. Selalu pantau pertumbuhan daun; jika menguning, tambah nitrogen; jika terlalu rimbun, kurangi nitrogen.